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ShowBL > Gromacs分子动力学模拟教程·第五节·蛋白配体复合物
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Gromacs分子动力学模拟教程·第五节·蛋白配体复合物 - P1复合物3D结构文件准备

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简介:
视频选集
P1复合物3D结构文件准备

P1复合物3D结构文件准备

P2生成蛋白质拓扑(charmm36力场)

P2生成蛋白质拓扑(charmm36力场)

P3小分子拓扑的生成工具(CHARMM-GUI)

P3小分子拓扑的生成工具(CHARMM-GUI)

P4构建复合物拓扑

P4构建复合物拓扑

P5溶剂化、添加离子

P5溶剂化、添加离子

P6能量最小化(EM)

P6能量最小化(EM)

P7平衡相(NPT)、产生相(MD)

P7平衡相(NPT)、产生相(MD)

P8结果分析

P8结果分析

P9给体系添加amber力场(ff14sb+gaff)

P9给体系添加amber力场(ff14sb+gaff)

P10结果分析(ff14sb+gaff)

P10结果分析(ff14sb+gaff)

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